Správa jeskyní České republiky spravuje patnáct významných jeskyní Čech a Moravy, z nichž čtrnáct zpřístupňuje veřejnosti. Zajišťuje jejich ochranu, báňskotechnické zabezpečení a službu průvodců.
Provádí průzkumy a dokumentaci jeskyní i jiných podzemních prostor, zpracovává odborné posudky a projekty. Shromažďuje údaje o všech jeskyních České republiky a zpracovává je pro celostátní Jednotnou evidenci speleologických objektů JESO. Vydává publikace s tematikou krasu, jeskyní a jejich ochrany. Spolupracuje na výzkumech s dalšími vědeckými institucemi.