Na přelomu 80. a 90. let získalo muzeum další výstavní a depozitní prostory ve Zdechovicích, Valticích a na Janově hradě. V roce 2001 byly vyklizeny prostory v Lednici, v letech 2002 - 2003 proběhlo stěhování sbírek ze Zdechovic do areálu v Čáslavi, který je pro veřejnost otevřen od roku 2004.

Do své původní budovy v Praze se Zemědělské muzeum vrátilo až roku 1994 a ihned zahájilo její postupnou dlouhodobou stavební rehabilitaci. Dlouholetá časová pauza znamenala ztrátu kontinuity u pražské veřejnosti. V dnešní době muzeum usiluje o navázání na tradice z doby první republiky, kdy se tehdy účastnilo řady významných celostátních výstav a kdy muzejní expozice byly početně navštěvovány. Zemědělské muzeum v té době pevně zakotvilo v povědomí kulturní veřejnosti a podílelo se i na spolupráci se zemědělskými muzei v Evropě, jako nedílná součást jejich sítě.

Jednotlivé pobočky Národního zemědělského muzea Praha jsou zaměřeny tak, aby svou vědecko-výzkumnou, akviziční a prezentační činností pokrývaly obor zemědělství a příslušné obory v celé jejich šíři.

NZM Praha

• budova v Praze 7 - Letná
• ústředí muzea
• pobočka NZM Praha (muzejní archiv, fotoarchiv, krajina; expozice: Jede traktor, krátkodobé výstavy, přednášky)

NZM Kačina - Muzeum českého venkova

• zámek Kačina
• muzejní knihovna
• rostlinná a živočišná výroba, venkovská řemesla, život venkovského lidu

NZM Čáslav - Muzeum zemědělské techniky

• zemědělská technika a stroje

NZM Ohrada - Muzeum lesnictví, myslivosti a rybářství

• lovecký zámek Ohrada
• lesnictví, myslivost a rybářství

NZM Valtice - Muzeum zahradnictví a životního prostředí

• zahradnictví, vinařství a květinářství